幕末の世に最強の刺客”人斬り抜刀斎”としておそれられた緋村剣心（小池徹平）。
明治維新後は不殺（ころさず）の誓いを立て、流浪人となり刀の峰を刃とした「逆刃刀」を手に静かな暮らしを送っていた。

そんな剣心の元に、志々雄真実（ししおまこと）(黒羽麻璃央）が国家転覆を計っているという報せが届く。
剣心の跡を継ぎ人斬りとなった志々雄は明治政府の裏切りにあい全身を焼かれ暗殺されかけたことを恨みに、
京都の暗黒街で復讐を企てていた。

剣心は神谷薫（井頭愛海）や相楽左之助（岐洲匠）ら止める仲間を後に京都へ向かった——。
かつての仇敵・斎藤一（山口馬木也）、四乃森蒼紫（しのもりあおし）（松下優也）もそれぞれの想いを胸に剣心を追う。
剣心は途中で出会ったくノ一・巻町操（鈴木梨央）と共に志々雄一派・瀬田宗次郎（加藤清史郎）、
本条鎌足（奥野壮）、駒形由美（伶美うらら）と対峙するも、逆刃刀を折られてしまう。

志々雄を倒すべく、より強くなる為に剣心は師匠・比古清十郎（加藤和樹）の元を訪れる……。