幕末の世に最強の刺客”人斬り抜刀斎”としておそれられた緋村剣心(小池徹平)。
明治維新後は
そんな剣心の元に、
剣心の跡を継ぎ人斬りとなった志々雄は明治政府の裏切りにあい全身を焼かれ暗殺されかけたことを恨みに、
京都の暗黒街で復讐を企てていた。
剣心は神谷薫(井頭愛海)や相楽左之助(岐洲匠)ら止める仲間を後に京都へ向かった——。
かつての仇敵・斎藤一(山口馬木也)、
剣心は途中で出会ったくノ一・巻町操(鈴木梨央)と共に志々雄一派・瀬田宗次郎(加藤清史郎)、
本条鎌足(奥野壮)、駒形由美(伶美うらら)と対峙するも、逆刃刀を折られてしまう。
志々雄を倒すべく、より強くなる為に剣心は師匠・比古清十郎(加藤和樹)の元を訪れる……。